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Objectifs : Définir les phénotypes cliniques liés à l’infection par le SARS-CoV-2 et collecter des données cliniques structurées ainsi que du matériel biologique. Cela inclut des patients COVID-19, des patients présentant des infections virales sévères inexpliquées, et des individus atteints de déficits immunitaires innés ou de maladies auto-immunes.

Objectifs : Identifier les variants génétiques impliqués dans les manifestations de la COVID-19 grâce au séquençage à grande échelle du génome humain. Cela comprend la définition précise des phénotypes cliniques à étudier et la sélection de témoins appropriés, la production de données de séquençage robustes, et l’étude des facteurs génétiques monogéniques à travers des approches centrées sur les patients et sur les cohortes. Des hypothèses alternatives, telles que l’hérédité digénique ou l’homogénéité physiologique, seront également explorées.

Objectifs : Caractériser l’impact fonctionnel des variants candidats aux niveaux alléliques et génomiques. Définir les mécanismes immunitaires impliqués dans la COVID-19, incluant l’immunité innée, adaptative, et/ou intrinsèque aux tissus. Etudier la réponse au SARS-CoV-2 chez les individus résistants à l’infection.

Objectifs : Caractériser les variations des réponses immunitaires à l’échelle single-cell dans la population et quantifier la contribution du sexe, de l’âge et des facteurs génétiques. Ce WP vise à établir un atlas transcriptionnel et fonctionnel des réponses au SARS-CoV-2 des cellules présentatrices d’antigènes, analyser la dynamique de la réponse des cellules immunitaires, et caractériser les réponses des cellules épithéliales et endothéliales au virus.

Objectifs : Tester la présence d’auto-anticorps dirigés contre les IFNs de type I et d’autres cytokines dans la population générale, chez des patients atteints de maladies auto-immunes, et chez des individus infectés par le SARS-CoV-2. Évaluer l’activité neutralisante de ces auto-anticorps et leur impact dans les produits sanguins et chez les patients transfusés.

Objectifs : Caractériser les profils cliniques, immunologiques et génétiques des patients présentant des auto-anticorps anti-IFN de type I. Cela inclus des évaluations cliniques détaillées, des analyses immunologiques et épigénétiques poussées, ainsi que l’étude des variants génétiques d’origine germinale et somatique.

Objectifs : Étudier l’autoréactivité des cellules T contre les IFNs de type I par cartographie des épitopes, caractériser l’expansion polyclonale des TCR Vβ dans le MIS-C et ses causes, identifier les cellules B autoréactives, produire des anticorps monoclonaux dérivés de patients ciblant les IFNs de type I, et élargir la recherche d’auto-anticorps au-delà des IFNs de type I pour mieux comprendre la dysrégulation immunitaire.

Objectifs : Suivre l’expression des ISG (gènes stimulés par l’interféron) dans les cohortes de patients atteints de COVID-19, d’infections virales sévères et de maladies auto-immunes et d’évaluer la technologie FilmArray pour un suivi rapide des ISG. Développer de nouveaux outils pour quantifier les sous-types d’IFNs de type I et les auto-anticorps anti-IFNs de type 1, pour transférer des outils validés pour une utilisation clinique dans le réseau de laboratoires BIOGROUP.

Objectifs : Recruter des patients atteints d’infections virales sévères et identifier les variants génétiques candidats responsables de la maladie grâce au séquençage à grande échelle de l’exome humain pathogènes via le séquençage (WES). Caractériser ces variants au niveau moléculaire, étudier leur impact immunologique sur les cellules concernées, et rechercher des auto-anticorps neutralisant les IFNs de type I ou d’autres cytokines chez ces patients.

Objectifs : Mettre en place une cohorte prospective de patients présentant des déficits immunitaires innés ou des auto-anticorps anti-IFNs de type I et observer l’évolution longitudinale de ces auto-anticorps. Identifier des marqueurs ou facteurs de risque d’événements infectieux ou auto-immuns chez ces patients. Réaliser un essai clinique pilote de médecine de précision chez les patients infectés par le SARS-CoV-2 issus de cette cohorte.

Objectifs : Définir et mettre en œuvre une stratégie efficace de diffusion scientifique à destination des professionnels et du grand public, tout en assurant la protection et la valorisation des droits de propriété intellectuelle.